袁世凯坐上江山后，发现段祺瑞和冯国璋已经尾大不掉。这两人不仅互相有争斗，有时候还联起手来，对袁世凯的命令阳奉阴违。此时，袁世凯非常希望段、冯的大哥、"北洋三杰"之首的王士珍能够站出来，帮助他一起看着段祺瑞和冯国璋。因此，老袁多次派人请求王士珍出山，但都被王士珍拒绝。
1914年夏，袁世凯甚至派长子袁克定亲自去请王士珍，并对袁克定说下重话："聘卿（王士珍字聘卿）不来，弗许归。"然而，王士珍依然不为所动。没办法，袁克定只能把他强行架上火车，送到北京。王士珍不得已，参见袁世凯，马上被授陆军上将军衔。5月9日设立陆海军大元帅统帅办事处，任命王士珍为六大办事之一，但地位最高，权力最大。
袁世凯称帝失败，在一片谩骂声中黯然去世。王士珍痛不欲生，本想一走了之，但耐不住段祺瑞和徐世昌等人苦苦相劝，最终答应留任陆军总长兼参谋总长。虽然地位很高，但王士珍脱离军界多年，手里已经没有属于自己的军队，所以段祺瑞对这个老大哥还是很放心的。
之后，黎元洪和段祺瑞发生府院之争，接着张勋复辟，段祺瑞马厂讨贼，再造共和。在这些事件中，王士珍早已不复当年之勇，基本上所作的事情就是凭借多年的威望，调节各方矛盾，风头开始远不如自己的两个小师弟段祺瑞和冯国璋。
