但是珍妃一个人专宠得罪了隆裕皇后，甚至有记载隆裕皇后还诬陷过珍妃和其他男人有染，但是慈禧太后很坚定的站在了自己的侄女身边，虽然证据不足，还是对珍妃用了"褫衣廷杖"的惩罚，就是当众扒掉衣服，用涂上黄油漆的竹竿打，这种刑罚一般只对宫女太监使用，但是慈禧竟然对一个皇帝的宠妃使用，这也可以看出慈禧对珍妃的厌恶。
如果珍妃只是专宠还不至于让慈禧这么讨厌，另外一个最大的原因是珍妃支持光绪皇帝变法，慈禧本来对光绪变法这件事情极其敏感，珍妃还敢明目张胆的在光绪身边出谋划策，这就让慈禧不能容忍了。后来还找个借口将珍妃关了起来，让她不能和光绪见面。
后来，八国联军逼近皇宫，慈禧太后带着光绪皇帝仓皇出逃，当时皇帝想求着慈禧将珍妃一起带走，但是没有想到，慈禧太后说，珍妃长得太漂亮，肯定会遭到洋人的侮辱，愧对列祖列宗。于是就命人将珍妃扔到井里淹死了！
