同年9月，天京发生事变（史称"天京内讧"），洪秀全命北王韦昌辉诛杀专横跋扈的东王杨秀清。韦早对杨怀有仇恨，借机大开杀戒，三万多太平军将士死于他手。洪秀全难以控制局面，立饬石达开回京戡乱。石达开回京后斥责韦昌辉滥杀无辜，韦以石"对东王袒护，欲杀之。"石达开闻信只身逃离天京，在京的一家老小全部遇难。石达开同将士联名呈奏天王，要求诛杀韦昌辉以平民愤。洪秀全为笼络石达开，逐下令杀了韦昌辉，又宣石达开回京"提理政务"，并封为"圣神电通军主将"。在石达开精心治理下，天京的秩序又逐渐恢复了正常。洪秀全见石达开深得人心，思生疑忌，恐再出杨秀清事件，逐封他的两个哥哥为王，来节制石达开。史书记载：洪对石"终疑之，不授兵事，留城中不使出。"甚至"阴图戕害之意"。
图3 拜上帝会在玉玺中的体现
石达开得不到洪秀全的信任，于1857年5月"避难离京"，前往安庆。
9月，天王遣使召石达开回京，被他拒绝，但他还是派青年将领陈玉成、李秀成、韦俊等回京增援，自己带领二十万太平军（一说是几千人）离开安庆，另起锅灶。
