建安二年（197年），袁术占有传国玉玺正式僭越称帝，孙策给袁术书信，劝喻其不可，袁术不听所劝，两人于是绝交不再有往来。孙策还发书信劝说吴景、孙贲、孙香等亲戚与袁术决裂，返回江东。袁术对孙策反对他称帝十分恼怒，便拉拢丹阳的祖郎等地方势力，并鼓动山越共同对付孙策。
孙策正准备与曹操、董承、刘璋并力讨伐刘表和强弩之末的袁术，军队已经整装待发，但是袁术已得病而死。孙策派张纮到许都结交朝中大臣，宣传孙策在江东的功绩，并表达对汉室的忠心。孙策又向汉廷贡献礼物，规模是建安元年（196年）的两倍。汉廷任命他为讨逆将军，封为吴侯。
孙策乘胜进攻黄祖，与黄祖军大战，黄祖几乎全军覆没，黄祖只身逃走，士卒溺死者达万人，孙策缴获战船六千艘。建安五年（200年）初，孙策平定江东，孙策经常听从部下意见，又善用人，手下的士民都愿意为他效忠。孙策曾杀故吴郡太守许贡，其门客潜藏在民间，也正打算为他报仇。四月，孙策在丹徒山中打猎。他骑的是一匹快马，扈从骑兵被远远的甩在后面。忽然碰到三人，孙策问："你们是什么人？"三人回答说："我们是韩当的士兵，在这里射鹿。"孙策说："韩当的士兵我全部认识，从没见过你们"。说完向其中一个射箭，那个人随着弓弦的声音而倒下。余下二人非常恐慌当即弯弓搭箭，向孙策射来。孙策面颊中箭。这时，后面的扈从骑兵寻找到孙策，将刺客都杀死了。
孙策中箭后，创痛甚剧，自知不久于人世。孙策请来张昭等人，托以后事。他说："中原正在大乱之中，凭我们吴、越的兵众，三江的险固，足以观其虎斗成败。你们好好辅佐我弟弟！千万不要回到北方去。"当日夜里过世，享年二十六岁。
