在隋文帝时期，杨坚准备征召孙思邈为国师，但是孙思邈却装病，对来使说自己奄奄一息，活不了多久了，恐怕要辜负皇上的厚爱了。皇上知道他的情况后也就再也没征召他了。后来孙思邈对自己家人说："隋朝是一个短命的王朝，不久之后会出来一个圣明的天子，那时我再出山做官。"果然隋朝只存在了两代就灭亡了，而这个圣明的天子也就是后来的李世民。
孙思邈能够准确语言未来将要发生的事情，他曾经预言自己的后代子孙将会犯罪，提前为他求情。当时有一个叫卢齐卿的人来找孙思邈算命，孙思邈对他说："你有大富大贵之相，五十年后你将会出任刺史，而我的孙子将会在你的手下做官，到时候他会因为犯罪而受杖刑，希望你能够看在我的面子上绕过他。"当时孙思邈的孙子还没有出生呢，卢齐卿觉得他说的有些荒缪，于是没放在心上。
五十年后，他出任徐州刺史，手下一个叫孙溥的人因为犯罪而受杖刑，卢齐卿亲自监行。当孙溥的衣服被脱去，准备行刑时，他突然想起了孙思邈的话，于是问孙溥和孙思邈的关系，孙溥说自己是他的孙子，卢齐卿便放了他。孙思邈死后，抬尸体的人发现他的尸体轻的像衣服一样，而且他停尸一月，面容毫无变化，不得不令人称奇。
