明朝开国皇帝朱元璋和佛教有很深的渊源，在发迹之前就曾经在皇觉寺当过僧人。当时朱元璋才十几岁，因为闹饥荒不得不入皇觉寺为僧，后来又当了几年的游方僧人。后来朱元璋当上皇帝之后，还是笃信佛教，可以说朱元璋的一生和佛教结下了不解之缘。
在洪武十六年，朱元璋在老家安徽凤阳兴建了一座寺庙，寺庙的名称很有意思，叫做"龙兴寺"。从这个名字可以看得出来，这座寺庙对朱元璋有非常深刻的意义，相传这个龙兴寺就是当年的皇觉寺。朱元璋当上皇帝后，一心想重修皇觉寺，毕竟当年正是因为在皇觉寺出家才躲过了饥荒。所以朱元璋一直记着这个恩情，想要重新修缮皇觉寺。
可是当时的皇觉寺在战乱中已经差不多毁坏殆尽了，并且皇觉寺原址刚好又处于明朝皇陵范围之内，实在是不宜扩建。于是朱元璋只得重新选址修建了一座寺庙，用来代替皇觉寺。朱元璋还亲自给龙兴寺撰写了碑文，还御赐了龙兴寺印。因为朱元璋非常重视龙兴寺，所以整个明朝龙兴寺都被作为皇家寺院。
