随后李孝恭与李靖一起攻打萧铣这些南方的割据势力，李孝恭也有鲁莽的时候，幸好他身边有李靖这样的名将，萧铣的军队没办法给他们造成更大的威胁，而李孝恭还用计，利用漂流的空船麻痹对手，从而顺利拿下了江陵城，在统一天下的战争中，李孝恭平定萧铣，平定辅公祏叛乱，镇抚岭南各地，他与李靖携手平定了整个南方。
李孝恭绝对是李唐宗室里面，仅次于李世民的二号名将，他后来在凌烟阁榜上，也是排名第二的功臣，然而李孝恭出色的成绩，也为他惹来了一些麻烦。
李世民与太子之间的争斗，也肯定会影响到其他的宗室，李世民政变之后，像李孝常这些宗室就发动叛乱，李神通这种更是公开表示李世民的封赏不公。
李孝恭最为宗室里面的军事大佬，他也必然会被堂弟李世民猜忌。
