公元1398年，朱元璋驾崩，皇太孙朱允炆继位，为建文帝，继位不久后为了加强中央集权便着手开始削藩，他的叔叔王爷们相继被废，因此与藩王们的矛盾日益加深。建文元年，燕王朱棣以"清君侧，靖国难"之名起兵造反，史称"靖难之役"。这场政变持续了四年之久，期间战争不断，波及整个华北和华东地区，内耗无数，使得当时的经济遭到了极大的破坏。
1368年朱元璋建立明朝政权之后，一直没有放松对蒙古的打击。蒙元仅存的残余军事力量逃到蒙古之后，遭到了大明军队持续不断的大规模北伐，没有给这些蒙古军队喘气与崛起的时间。因为蒙古南下之后，他们在南方过着享乐的生活，此时蒙古铁骑根本不能与当年成吉思汗时期的骑兵同日而语，强大战力荡然无存，面对明朝诸多开国大将所率领的王师根本无力招架。
朱元璋对北元的八次征伐，沉重的打击了元朝的残余，对于减轻了边疆的危机起到了不可忽视的作用，同时又加强了北方长城沿线的管理，使得北方少数民族不敢觊觎中原沃土，有效的维护了中央集权，巩固了明王朝的封建统治。有了明太祖对于北元的威慑，就算是内耗，他们也没有胆量卷土重来，毕竟实力不允许他们这么做。
