首先弘光帝自己也加入了党争当中，权臣马士英更是阉党分子，在拥立朱由菘为皇帝的时候曾经表示：" 东林党人, 恨入骨髓, 不杀尽东林, 不成世界。幸喜有一与东林为世仇者, 近在淮安, 若立为天子, 则东林人必杀尽乃已" 。
也正是因为朱由菘与东林党有着深仇大恨，才拥立他为皇位，朱由菘登基实际上也是阉党与东林党交锋中的一次胜利，朱由菘上台后不是想着联合东林党共同抵抗外敌，反而是和阉党一起翻旧账打击东林党，将党争从北京延伸到南京。
最终导致" 朋党势成, 门户大起, 虏寇之事, 置之蔑闻" 。东林党人拉拢左良玉发动清君侧，党争演变为内战，本来形势就危机，在这样的情况下，清军趁势南下，一举攻破南京证券。
（三）内讧迭起，地方军事力量脱离弘光政权
南明的成立主要是依靠江北四镇和左良玉部，实际上这几者并非明朝的嫡系部队，以左良玉为例是在镇压农民运动中逐渐发展壮大的，不像九边精锐那样受朝廷重视。
