不久之后，清军便在吴三桂的带领下进入了山海关，由此便拉开了清朝的统治序幕。在明朝灭亡到清朝统治的整个时期，都没有出现关于锦衣卫的消息，这是很令人费解的。要知道明朝的锦衣卫是非常庞大的机构，这个机构几乎存在于明朝的整个时期，在当时有一个这样的说法：缇骑四出，大索天下。
锦衣卫是明朝专有军政搜集情报机构，前身为明太祖朱元璋设立的"拱卫司"，后改称"亲军都尉府"，统辖仪鸾司，掌管皇帝仪仗和侍卫。洪武十五年(1382年)，裁撤亲军都尉府与仪鸾司，改置锦衣卫。
作为皇帝侍卫的军事机构，锦衣卫主要职能为"掌直驾侍卫、巡查缉捕"， 其首领称为锦衣卫指挥使，一般由皇帝的亲信武将担任，直接向皇帝负责。可以逮捕任何人，包括皇亲国戚，并进行不公开的审讯。
