部曲性质最大的隐患就是利益分割，不容易统一指挥，刘秀靠什么能让将军们做到相互配合，相互协调呢？指挥一元制和行动目标化。
刘秀
虽然是多支部队配合作战，但是总指挥只有一人，每次都不固定，不以职务高低为准，比如，大司马吴汉，就多次作为助手，配合岑彭、祭尊、耿弇等人的军事行动。另外战前各部队的行动目标由刘秀亲自参与制定，以目标化管理部队之间的协作，避免了诸多纠纷。
刘秀的配合战，最大的好处就是，相互之间可以起到弥补作用，避免了个人可能的失利，对整个战局的影响。比如，吴汉在南阳郡被邓奉打残后，靠坚镡的人马撑住了局面；盖延被董宪打败后，靠吴汉、王常、马武、王霸的支援，又扳回了局面。
