但是随着1864年南京城破，太平军还是最终灭亡。太平天国的消亡，和他的军事制度，信仰以及经济支出，均有很大的联系，在最初，太平天国实行绝对的平均主义，建立"圣库"对部队进行供给，而圣库的物资来源包括起义初期是上帝全会众交给圣库的银粮衣物；二是打败清军或攻克城镇缴获的战利品；三是各处城乡人民的捐献和对富户派大捐、打先锋所得的财物，然而等到洪秀全等人称王之后，圣库却成为了封建王爵的私财和任意支配的内库而已。
而洪秀全对待手下人的看法，也发生了根本的变化，在最初创建拜上帝教，他说的是"天下多女子尽是姊妹之群"，而到了后来，妻妾成群的侯秀全却亲自定下"十该打"家规：服事不虔诚一该打。硬颈不听教二该打。起眼看丈夫三该打。问王不虔诚四该打。躁气不纯静五该打。讲话极大声六该打。有唤不应声七该打。面情不喜欢八该打。眼左望右九该打。讲话不悠然十该打。这样一来，洪秀全的形象，在众多臣民当中自然愈发的下降。
