刑部与大理寺得出的结论不一致，随即知晓了此事的宋神宗，便将该案件交给了司马光和王安石二人，由两位大宋学士来定夺。论私交王安石与司马光还算不错，两个人都很认可对方的人品和学识。但在治国方面，二人的理念却南辕北辙。司马光支持依法斩首阿云，王安石的意见却与许遵不谋而合，他认为阿云罪不容诛。此时的王安石代表的是北宋变法派的一面旗帜，另一边的司马光却反对变法算是北宋的保守派。因为阿云案件，让两位学士意见不统一，随之变法派和保守派在朝堂上开始激烈争论。
最终阿云案件成为了两派之间的导火索，竟然升华引出了北宋该不该变法的争论。其实在该案件发生前夕，神宗帝就曾颁布过一条诏令：凡是犯下谋杀之罪，且被害人受伤，官员审理过后罪犯自首的，一律按照谋杀罪减刑两等来处置。这就等于神宗帝更改了北宋律法，他也是支持变法的。王安石和司马光的争论焦点，开始由案件本身，上升到了案件的判决，是该由皇帝圣旨来裁决还是该由大宋律法来决定。
就这样两边相持不下，神宗帝也无法做出最终决断，阿云的案件被一拖再拖，阿云本人也一直被官府看押。再后来大赦天下，阿云被释放，她回到了平凡的生活中。公元1085年，神宗帝去世，哲宗继位，此时距离阿云案件发生的时间已经过去了17个年头。六十多岁的司马光官升宰相之职。司马光刚掌权，便急不可耐地去翻案，将阿云判处了死刑。回归平凡生活的阿云再次被刑部缉拿归案，并被判了死刑。随着司马光在阿云案件中取得了胜利，王安石一党在北宋朝堂中失势，北宋变法以失败收场。
对于北宋而言，司马光的理念太过保守，王安石的变法却又太过激进。其实北宋过于富庶，才是变法最根本的阻力。因为宋人本就富庶，变法的本质其实就是均分土地和钱财，强调宋律与大宋君主集权。没有任何人希望改变已经富庶的生活格局，其实北宋需要的是一个温和的变法派。只有温水煮青蛙，才能让北宋在不知不觉中做出改变。变法能够取得成功，是基于两点，一是军事力量的支持，二是在"废墟"般的大环境中开始。历史中最知名的变法者有商鞅、王安石、张居正，但这三人最后的结局都不算好，成功变法者唯有一人，那便是掌握了军权的清朝君主雍正。
