而朱允炆的神秘之处，就在于他最后的下落了。
在建文四年六月，燕王朱棣的军队攻破京师，朱允炆大势已去。而在燕王军队抵达后，一场混战中，在南京城内的皇宫大院便起了火。而在当火势扑灭后，燕军士兵在灰烬中发现了几具烧焦的残骸，其长相已经不能辨认了，而据太监说这分别是是皇帝、皇后以及他的长子朱文奎的尸体。在历史上也是这么记载的，然而，民间却总有异议。
在《明神宗实录》中，记载有张居正的一段话："国史不载此事，但故老相传，言建文当靖难师入城，即削发披缁从间道走出，人无知道。"
其意思便是，在燕王抵达之后，朱允炆没有被烧死，而是逃走并且出家为僧了。
