朱允炆登基之后，为了削弱藩王的实力，进行削藩活动。姚广孝建议朱棣起兵，朱棣当时还有所顾虑，认为民心都是顺着朝廷的。但是姚广孝却说他只信天道，不管民心。在姚广孝的多次劝告下，朱棣开始秘密召集勇士，交由姚广孝训练。
最终靖难之役爆发，虽然姚广孝不知军务，但是他给朱棣提出了许多的建议，朱棣一一采纳，最终攻入南京，登上了帝位。朱棣称帝之后，姚广孝被任命为僧录司左善世，之后拜资善大夫、太子少师，也就是宰相的职位。就这样姚广孝以一个和尚的身份，当上了一国的宰相。
朱棣曾劝姚广孝蓄发还俗，但是姚广孝却坚持要当一个和尚，在朝堂之上他穿着官服，回到家中，就换回僧衣。
除了帮助朱棣登上帝位，姚广孝最突出的贡献就是在解缙之后，主持编修《永乐大典》。最初是由解缙主持编修《永乐大典》的，历时一年编成《文献大成》。朱棣看后发现，原本是想编修成一部包括诸子百家、儒释道三教之书的永乐大典，在解缙的主持下，只有儒家一言之书。于是才让精通儒释道的姚广孝来接替。
姚广孝死后，因为他的突出贡献，他得以进入明成祖的太庙享受祭奠。这是明朝唯一一个以文臣的身份入太庙配享的人，足以看出他伟大的功绩。
