四大汗国一开始是受蒙古本土大汉的领导的，但是蒙古内部不断争斗，尤其是窝阔台和拖雷死后，围绕着汗位互相争斗，四大汗国也分帮结派支持不同的人继承汗位。当蒙哥死后，忽必烈在汗位斗争中打败自己的弟弟，成为新的蒙古汗，但忽必烈与弟弟的争斗让蒙古更加分崩离析，为了得到其他汗国的支持，放任他们自由发展，逐渐失去对四大汗国的控制。
蒙古帝国的军队原由蒙哥大汗统帅，在他死后，进攻四川的蒙古军退居六盘山与浑都海部会合。随后身在中原的忽必烈与留守蒙古的阿里不哥因汗位展开数年内战。最终忽必烈取得胜利，并于1271年建立元朝，阿里不哥被圈禁致死。由于忽必烈的擅自即位及推行汉化的主张，引起蒙古宗派的强烈不满，拒不承认忽必烈的汗位。
