正如于谦所说，明英宗朱祁镇虽然返回京城，但在"天位已定"的情况下他已没有重登大宝的机会，不过让他没有想到的是，虽然自己被尊为了太上皇，结果不仅没有享受到任何太上皇的待遇，反而就此被囚禁于南宫之中长达七年。
直到景泰八年（1457年），明代宗朱祁钰突然患病，石亨、曹吉祥和徐有贞等人率兵来见朱祁镇，并簇拥着他直奔大内。朱祁镇凭借着太上皇的身份，兵不血刃的冲入皇宫重新被扶上了奉天殿的宝座，史称"夺门之变"。
夺门之变后，于谦和大学士王文等人随即被逮捕入狱，而在徐有贞等人的暗示下，科道官员随即以"制造不轨言论，且和太监王诚、舒良、张永、王勤等策划迎接册立襄王"为由上奏，经过都御史萧维祯审判，于谦最终被杀。
对于以"谋反之罪"被判处死刑，大学士王文本欲争辩，于谦却笑着说，"这不过是石亨他们的意思，分辨又有什么用处？"事实上的确如此，明英宗对于处死于谦，的确曾有疑虑，并说出了"于谦实有功"之语，可见朱祁镇对于于谦的功劳还是比较认可的。
