此后农民军攻克重镇洛阳、襄阳，诛杀福王、襄王。二镇失守，二王被杀，已是病重之躯的杨嗣昌闻知消息后，自知罪不可赦，在惶恐绝望之中死于沙市寓所，年仅五十四岁。
杨嗣昌身亡后，朝臣交章论劾：其人虽死，然罪不可赦。但一向薄情寡恩、多疑自重的明思宗却仍极力维护杨嗣昌，他不但没有给杨嗣昌定罪，反而追赠他为太子太傅，下令用辅臣之礼归葬，并亲自为他写了一篇感人至深的祭文。
崇祯朝，一位辅臣从始至终都能让思宗言听计从，即使最后战败而死也只是心痛叹息而不忍加以责难，仅有杨嗣昌一人而已。思宗对他的眷顾之情可谓始终如一。
