同治皇帝在位期间，逐渐走向没落的大清王朝开始呈现复苏景象，"宫府一体，将相协和"以致内乱平定、外患暂缓、国运中兴。然而，这一切都和6岁继位的同治皇帝毫无关系，以"垂帘听政"方式实操晚清军国大政的慈禧太后才是真正的有功之人。由此可见，《清史稿》对同治皇帝"遇变修省，至勤也；闻灾蠲恤，至仁也；不言符瑞，至明也"的积极评价，基本等于扯淡。
清史稿
后世学者为同治皇帝总结了"五大不幸"：幼年丧父；童年无乐；母子失和；婚姻不幸；英年早逝。前四项不幸，客观因素占据主要部分，同治皇帝或许无法更改；但"英年早逝"这一项，同治皇帝应该承担重要责任。
同治十三年十二月，刚刚亲政一年有余，年仅19岁的同治皇帝便病逝于养心殿。至于死因，《清实录·穆宗实录》虽然给出了"适出天花，元气日亏，以致弥留不起"的官方说法，但其临终"下部溃烂，臭不可闻，至洞见腰贤而死"的具体惨状却足以说明官方解释的不足为信。
