然而在明朝的万历年间，日本的国内发生了变化，丰成秀吉统一了全国，并且出动大军直接入侵明朝，后来被明朝军队全歼，从此，日本的军队元气大伤，回国后日本实行了的闭关锁国，禁止一切对外贸易。而明朝也在后来意识到了海禁的危害，于是在隆庆年间解除了海禁，那些沿海的居民重新有了活计，自然就不会选择去冒险当海盗了，毕竟每天提心吊胆的，朝不保夕。
这样一来，倭寇既没了军备支持，又失去了人员补充，所以慢慢的就衰落了。所以到了清朝时期，自然没了侵袭边境的能力了。由此看来，清朝之所以没有受到倭寇的侵袭，并非是因为清朝更强大，而是因为局势发生了变动，自己衰落了。
