当平定太平天国后，针对闽浙官场上存在的腐败问题，他开始着手在闽浙整顿吏治。具体措施为："察吏"、"训吏"、"恤吏"。所谓"察吏"，是指只要是劣迹斑斑的贪官，一经发现属实，立刻上奏朝廷，绝不拖延。"训吏"是指对官吏在思想道德上进行训诫，使其恪守为官之道，即所谓"训之使不至为恶"。"恤吏"是指在经济上裁减州县浮收钱粮的同时，又根据官吏的实际情况，对其给予一定的照顾，使其略有余财。发给一定的养廉银，使其不至于巧立名目搜刮百姓。
左宗棠在闽浙地区整顿吏治的措施，虽然不能完全根除当时晚清官场的腐败情况，但还是受到了一定的限制和震慑作用，在一定程度上减轻了百姓的负担，促进了闽浙两地经济的恢复。在这一点上，与那些庸贪大吏相比，左宗棠无疑要清明得多。
三、改革盐法
1840年前后，两江总督陶澍在魏源的协助下改革盐法，但由于后来受到太平天国运动的冲击而被迫停止。左宗棠剿灭太平天国后，继承了他们的做法，重新对两江地区的盐法进行了改革，他取消了杭、湖、嘉、松四所获清廷特许的盐商收购运销的专利特权，统统改行票盐法。这种一举两得的做法，不仅杜绝了盐吏的贪污，降低了成本，让老百姓吃到了便宜的食盐，而且使清朝的盐税也增加了。
