这一时期，韩侂胄做的最过激的行为，还是禁止理学。当时赵汝愚的支持者多为理学人士，为了肃清赵汝愚的影响，韩侂胄制造了庆元党禁案，给理学扣上了"伪学"的帽子。庆元党禁实施了六年之久，期间理学经典书籍被封杀焚毁，被列入"伪学逆党籍"的理学人士都受到不同程度的打击，甚至连与他们有关的人士都不能做官或者参加科举。
虽然这一切都是韩侂胄的意愿，但实际谋划者却是京镗。等京镗死后，韩侂胄其实表达出了悔意。他自己也觉得打击过头了，于是又恢复了赵汝愚、朱熹的官职名义。其他被贬者也陆续恢复官职，伪党之禁渐渐解除。
不管怎么说，对于韩侂胄的得势，很多人还是心存偏见的。时人议论他"时时乘间窃弄威福"。反正就是，没啥本事，凭借外戚的身份作威作福罢了。
这时有人提醒韩侂胄：只有立下盖世功名，才能堵住天下悠悠之口。韩侂胄深以为然。而对于彼时的南宋而言，最具挑战的功业莫过于北伐金朝，夺回失地！
