董仲舒在对策中有一个观点，叫君权神授，天人感应。意思是，天和人是一体的，皇帝的权力是上天赋予的，如果皇帝有什么不好的行为，上天就会用灾异给以惩罚，实际上是限制皇帝的权力，不能任其为所欲为，做对百姓不利的事。武帝赞赏君权神授，但不赞成灾异之说，他不想让任何人包括上天限制自己的权力，束
建元六年（公元前135年）辽东高庙发生火灾，武帝问董仲舒为什么会发生这样的事情，董仲舒首先举了春秋时期各诸侯国由于政事处理不好，违反上天意志出现灾异的例子，之后对武帝说：在外而不正者，虽贵如高庙，犹灾燔之。况诸侯乎！在内不正者，虽贵如高园殿，犹燔灾之，况大臣乎！此天意也。罪在外者天灾外，罪在内者天灾内，燔甚罪当重，燔简罪当轻，承天意之道也。"就是说，在朝廷之外的人或物出了问题，就是辽东高庙这样尊贵的建筑，也会被火烧掉，何况诸侯出了问题呢！在皇城以内的人或物出了问题，就是高园殿这样尊贵的建筑，也会被火烧掉，何况是大臣呢！这是上天的意志啊。外面的人犯了罪，天灾出在外面；内部的人犯了罪，天灾出在皇城。火灾严重的罪责重，火灾轻的罪责轻。这就是为人处事应当秉承天意的道理啊。听了董仲舒的话，武帝虽然不高兴，但董仲舒提到的是与诸侯、大臣有关的灾异，对维护自己的皇权还是有利的，所以并没有责怪他。
元朔六年（公元前123年）， 武帝想起近几年发生的衡山王、淮南王谋反自杀，江都王、胶东王知情不报，以及丞相田蚡干得那些有违法纪的事情，觉得董仲舒说的有关灾异的那番话还是有道理的，于是派董仲舒的弟子吕步舒为钦差大臣，到淮南处理淮南王造成的冤狱和其他案件，吕步舒按老师的教导，以《春秋》大义为标准评判是非处理问题，受到武帝的赞赏。
这件事对董仲舒似乎是一个鼓舞，他感到自己的灾异之说终于被武帝采纳了，心里十分高兴。于是他将其他的事情放在一边，专心在家里写《灾异之记》。稿子写完了，他准备献给武帝。但令他想不到的是，一个叫主父偃的人趁其不备，偷走了稿子，暗中交给武帝，武帝看了大怒，还让一班文臣传看，谈自己的看法，实际上是组织人对这篇文字进行批判。吕步舒不知道这是老师写的，义愤填膺地发言，说里面的观点是愚蠢的。武帝将董仲舒下狱，并将他定了死罪，但不久又下旨将其赦免了。
与董仲舒同朝为官的人中，有一个叫公孙弘的，这人心胸狭窄，猜忌心重，表面上待人宽厚，实际上城府很深。只要与其有过节，无论亲疏远近，背后都要寻机报复。董仲舒为人廉直，对公孙弘这一套很是看不惯，这引起了公孙弘的嫉恨。在当时的刘氏诸王中，胶西王刘端最为骄横跋扈，连皇帝都拿他没有办法。公孙弘便向武帝推荐董仲舒做胶西王相，说只有董仲舒才能当此大任，实际上是借刀杀人。胶西王"素闻董仲舒有行，亦善待之"。董仲舒怕时间久了获罪，便推说有病，辞官回家，闭门著述，后来写成了《春秋繁露》一书。董仲舒致仕回家，是经武帝批准的。武帝也没有忘记他，朝中每有大事，都要派人征求其意见，董仲舒都会根据儒家经典大义给以恰当的答复。
董仲舒去世后，武帝很痛心，他下令在其墓前立了一通石碑，写上"文武官员到此下马"几个大字，后来人们习惯称董仲舒墓为"下马陵"。
