从元朝开始，原有的对待西南边境少数民族地区的羁縻制度重新完善成为土司制，从形式来说，土司要服从中央管辖，并承担其中义务，不过在他们的自己区域，也可以形容为是"土皇帝"。
随着明朝朱元璋开始的逐渐加强中央集权，这就将拥有高度自治的土司和皇权之间形成了对立关系。于是，为了彻底的将西南地区纳入实际统治，朝廷决定"改土归流"。
明朱棣时期，在平叛贵州宣慰司叛乱后设立了布政使司，废除了原有的土司世袭；明宪宗朱见深时期，也是因边境骚乱问题，借机将蒙自改土归流；万历时期，又花了114天的时间打赢播州之役，灭了杨应龙。
