他表示绝不偏安一隅，一定要收复天下。为此带领大军开始收复失地。
最主要的目标就是福建地区，半年的时间，
朱以海收复了包括建宁府、寿宁、连江、闽清、宁德等多个府县，清朝在福建地区，失去了统治权。
时明鲁王遣其将郑彩、阮进等寇福建，先后陷府三、州一、县二十七。上授陈泰靖南将军，与梅勒额真栋阿赉率师讨之，击破鲁王将曹大镐、张耀星，克同安、平和二县。五年三月，复克兴化。---《清史稿》
这个时候的朱以海达到了人生的巅峰，不少人才也甘心前来归顺朱以海。原来隆武朝的大学士朱继祚主动表示归顺，并且带领手下人在福建兴化发动起义，帮助朱以海收复了兴化城。这个时候福州基本上成了一座孤岛。
