洪武二十八年，齐泰以兵部郎中擢为兵部左侍郎。朱元璋曾多次单独召见他。他曾向其询问边将姓名，上至总兵，下至千总、把总，齐泰都对答如流。朱元璋又问各省的山川地理和人口，齐泰将袖中随身携带的小册子拿出来递给朱元璋。册子上对于这些内容都有简要、详尽的记述。他有空闲，都会仔细阅读记忆，相当于掌中书。朱元璋对齐泰的用心感到惊奇不已，对他越加喜爱。
也因为如此，朱元璋将齐泰推荐给了孙子朱允炆。朱允炆平素便经常与齐泰交往，向其请教问题。《明史》称："皇太孙素重泰。及即位，命与黄子澄同参国政。"可见，在洪武朝时，齐泰已经成了朱允炆的重要谋臣。削藩策略在这时已经开始商议了。
2、齐泰成了朱允炆应对朱棣的一个筹码，随战争胜负而任用或罢黜
朱允炆即位后，齐泰立即升任为兵部尚书。建文元年七月，靖难之役爆发。朱允炆开始任命耿炳文为大将军，讨伐燕王，后来在真定为燕军所败。之后在黄子澄的坚持下，朱允炆又任命李景隆接任。可是李景隆乃是一纨绔子弟，没有韬略，很快便被朱棣大败而回。至此，朱允炆才开始为当初的强力削藩感到害怕，以致于进退失据，毫无章法可言。
