2、《南京太常寺志》存疑。关于《南京太常寺志》中的记载，目前流传甚广，根据其中说法，马皇后根本没有亲子，朱元璋的前三子朱标、朱樉、朱棡均为李淑妃所生，而朱棣、朱橚则分别为碽妃和孙贵妃所生。这种说法最大的问题来自于李淑妃，首先是李淑妃的年龄问题，虽然目前史料均没有明确指出李淑妃的生卒年月，但我们却可以根据李淑妃的父亲来推算出李淑妃的大致年龄，李淑妃的父亲李杰生于1331年、卒于1369年，而李淑妃则是李杰的第一个孩子。而朱元璋的太子朱标则生于1355年，只比李淑妃的父亲李杰小了24岁，这年龄差实在太小了点，除非李杰在12岁左右便生下了李淑妃，而李淑妃又在12岁左右生下了太子朱标，这显然有些让人难以置信。其次是李淑妃父亲李杰投靠朱元璋的时间问题，根据史料记载，李杰是在至正十六年（1356年）投靠的朱元璋，此时朱标已经出生一年了，难道李淑妃在父亲投靠朱元璋之前便已经与其生了孩子吗？而李淑妃被晋封为淑妃更是二十多年后的事情了，如果其真的为朱元璋一连生下了三个孩子，那么这个封妃的时间是不是太晚了点。此外，各种史料指出朱棣和朱橚乃是同一母亲所生，但在《南京太常寺志》中却变成了不同妃子所生。
3、《明史》疑点。从目前各种记载来看，《明史》的记载无疑更为可信，这也是主流比较认可的一种说法。但唯一的问题是，朱棣继位之后是否对史料进行过改动？这个可能性还是很大的，可如果朱棣真的动了手脚，那么事情的真相恐怕就真的无人能知了。
4、朱棣庶子说无史料支撑。这种说法似乎是更为可信的说法，也就说马皇后生了朱标、朱樉、朱棡，而朱棣和朱橚则极有可能是碽妃所生。而朱棣在靖难成功之后，为了表明自己的正统身份，也只能说自己是马皇后所生，从而使自己从庶子变为嫡子。至于生母碽妃，朱棣则已经无法在明面上相认，只能在牌位拜访次序上动些手脚，这也能解释《南京太常寺志》、《静志居诗话》和《三垣笔记》所载的那种牌位摆放次序。唯一的问题是，这种说法虽然最为合理，但却缺乏相应的史料支撑，如果真是朱棣篡改了史料，也只能说他做的太彻底了一些。
综上所述，我认为马皇后有亲子应该无疑，只是朱元璋前五子当中到底有几个是马皇后亲生，则已经无法判断。
