在军中，蓝玉越权操控决定将士的升迁，意在军中安插自己的人马。
蓝玉西征回来后，被封为太子太傅，但他认为官太小，大发牢骚，竟上奏朱元璋表达自己的不满。
凡此种种，朱元璋已然对蓝玉忍无可忍，直到洪武二十六年（1393年），锦衣卫指挥蒋瓛告发蓝玉谋反，为朱元璋找到了诛杀蓝玉的理由。朱元璋以谋反罪将蓝玉下狱，判以"剥皮实草"酷刑。一代名将，被刽子手剥下整张人皮，塞入稻草后悬挂示众。
至此也就罢了，朱元璋把想杀的许多功臣诬陷为蓝玉的同党，称为"蓝党"，包括自公侯伯以至文武官员，被杀者约一万五千多人，朱元璋想杀谁，谁就被列为"蓝党"，满朝人心惶惶，被杀者还被列入《逆臣录》。
《逆臣录》中记载的罪名大都是无中生有，实则是朱元璋为杀功臣而故意罗织的罪名。君要臣死，臣不得不死，即使没有蓝玉案，《逆臣录》中的人，也始终会死于其他的罪名，他们注定会被冤枉致死。诛杀功臣，成了朱元璋一生最大的污点。
