袁崇焕刚到御辽前线，即遇上了驻宁远的士兵因长期缺饷而哗变。他当即单骑入营，惩治了贪虐的将领以抚军心，又将兵变为首者枭首示众，以严明军纪。为了从根本上稳定军心，他连连上奏，要求朝廷发饷济远。 崇祯帝见袁崇焕到边境未立一战功，请饷之奏却频传，心中颇为不悦。在召集众臣讨论时，崇祯帝没好气地说：“将兵者果能如家人父子，自不敢叛，不忍叛。不敢叛者畏其威，不忍叛者怀其德，如何有鼓噪之事?” 站在一边的礼部右侍郎周延儒听出了崇祯帝的弦外之音，趁机挑拨，说什么军事哗变实非缺饷，而是另有隐情。崇祯帝一听，对袁崇焕的十分信任顿时减去三分，虽然勉强发去了军饷，但心中却开始怀疑袁崇焕恃边逼饷以充私囊。 不久，又传来了袁崇焕擅杀皮岛守将毛文龙的消息。毛文龙原系辽东明军将领，辽东失陷后撤到濒临朝鲜的皮岛上，他在岛上择壮为兵，多次袭击清军后方，有力地牵制了清军的南下。但毛文龙恃功跋扈，根本不听袁崇焕的指挥，反而虚功冒饷，诬袁崇焕克扣了他的军饷。 为了统一边防号令，袁崇焕借督饷赴皮岛之机诱捕毛文龙，先斩后奏。崇祯帝接到袁崇焕的奏疏，心中十分恼怒他竟敢不经圣裁擅杀边将。但碍于自己曾亲赐尚方宝剑，又指望袁崇焕早日恢复辽境，所以还是强忍怒气，“优旨褒答”。还“传谕暴文龙罪，以安崇焕心”。
崇祯二年(1629)十月，皇太极率大军避开袁崇焕的防地，从蒙古绕道入关。由于蓟州一线边防松弛，使得清军轻易攻破，很快便会师于遵化，直逼京师而来。 袁崇焕得知清军入关的消息，心急如焚，立即亲率精锐部队，马不停蹄，急赴京师救援。他们赶到北京城外，与围攻广渠门的清军交锋，一场恶战，清军败退。 崇祯帝在城内得知袁崇焕援军已到，十分惊喜，连忙发饷犒师，并命各路勤王军统归袁崇焕调度。袁崇焕担心所部日夜奔驰，马卒疲怠，请求入城休整再战。但遭到了崇祯帝的坚决拒绝，只好移师城外驻防。 皇太极见又遇劲敌袁崇焕，心中又恨又怕，决定利用崇祯帝多疑猜忌的性格，借崇祯帝之手除去心头大患。他首先假拟了两封所谓的“密信”，让部下有意“丢失”在明军经常出没的地方，信中以自己的口气约袁崇焕私下议和。此信一传开，京城中人心惶惶，怨谤纷起。 那些往日与袁崇焕有隙的朝臣也趁势“诬其引敌协和，将为城下之盟”。崇祯帝正在半信半疑之际，两名从清营中逃回来的宦官又报告说在清军中亲耳听见将士议论，称袁崇焕已与清主和议，不久将不战而献北京。 崇祯帝至此深信不疑，当即传令袁崇焕入见，趁其不备将他逮捕下狱。崇祯三年(1630)八月十六日，以“谋叛欺君罪”将袁崇焕处以磔刑。 直到后来清军入关后，人们方知所谓的袁崇焕通敌不过是皇太极的反间计，那两名逃回的宦官是清军有意识让他们听到议论后又故意放归的。崇祯帝轻率疑臣，自毁长城，致使袁崇焕忠心报国却含恨九泉。
