冯云山牺牲较早，若其主持天京事务，恐怕太平军内部后来也不会发生天京事变。冯云山深知杨秀清和洪秀全等人的品性，故而他一般在处理军务的时候，也尽量会说服他们保持友好关系，太平军早期之所以会一心向外所向无敌，其实和冯云山也是有关系的。众所周知，杨秀清和洪秀全后来产生了矛盾，因为矛盾的激化，天京事变才遽然发生了，如果冯云山当时还在，恐怕这次事变完全可以避免，也就不会出现太平天国精锐大量损耗的现象。
冯云山牺牲在蓑衣渡战场上，1852年，太平军北上攻打长沙，其部众在途径蓑衣渡渡口的时候，却遭到了清军江忠源部的猛烈炮击，由于冯云山所乘的轿子太过显眼，所以他也成为了清军攻击的主要目标。也就是在这次战役中，冯云山身受重伤，当时，洪秀全听到了噩耗，也匆忙赶过来救援冯云山，可惜，冯云山终因失血过多而不幸牺牲。冯云山死后，洪秀全也就算是失去了一条可以倚仗的臂膀。
冯云山是太平天国内部一位务实的首脑，其比杨秀清等人都要稳重。早期拜上帝教的运动中，冯云山也会尽量减少宗教的影响，也正因为这一点，许多人才加入到了义军当中。冯云山深知，靠宗教维系起来的义军是无法长久的，所以他在宣传教义的时候，也会尽量减少宗教的影响。太平军早期北伐，曾经大肆毁庙毁馆，这就严重的影响了太平军在知识分子心目中的位置，而冯云山看到了这一点，所以他北伐途中，他一般也会疏导和教诲太平义军。
