在明朝的末期，各种农民起义此起彼伏。起义军每当攻下一座城市，就会杀掉当地的明朝贵族，分掉他们的财产。公元1643年，张献忠的军队攻陷了武昌府，张献忠将楚王朱华奎全族2000多人杀的干干净净。流窜到四川之后，张献忠攻入成都，又将蜀王朱常浩全族屠杀。与西南方的张献忠相比，北方的李自成也不逊色。在河南境内，分封在洛阳的福王全族被农民军屠杀，开封的周王带着一些嫡系血脉成员逃跑，其余都被农民军杀掉。在山西境内，代王、晋王两大藩王全族4000多人被杀的只剩下了几个幸存者。何苦生在帝王家，在王朝的末期，贵族随时有性命之忧。除了李自成和张献忠这些人杀掉的宗室之外，还有一些宗室被其他的农民军所杀。
二、一部分宗室死于清军之手，还有一些人撤到了台湾岛
由于农民军的因素，明朝宗室在北方根本就无法立足，除了那些被农民军杀掉的宗室，其余的人基本上都逃往了江南。例如弘光皇帝朱由崧就是从河南逃到南京的，当时江南地区还在明朝的控制之下。这一部分宗室在南方也过了短暂的太平生活，但是清军南下以后，一切都戛然而止。面对南下的清军，一部分宗室选择抵抗，但是还有一部分人选择投降。那些投降的宗室中，血脉偏远者或许还能留一条命，那些血脉与皇族接近的人基本上都被清军杀掉。南明先后出现了好几个政权，每当一个政权灭亡，都会有一些宗室被杀。最后这些宗室撤往云南境内，这是南明最后的地盘。永历政权瓦解以后，有一部分人被吴三桂所杀。那些逃入缅甸境内的宗室很难存活，他们要么被杀掉，要么被送给了清朝。
永历政权灭亡以后，郑成功仍然不愿意投降，他依靠福建沿海地区继续抵抗。那些幸存下来的宗室很多都投奔了郑成功，后来郑成功收复了台湾岛，这些宗室也跟随船队到了台湾。可惜收复台湾岛不久，郑成功便因病去世，他的儿子郑经成为了当家人。在这里，那些明朝宗室最起码可以过几年太平日子。郑经去世以后，他年幼的儿子郑克爽继位。清廷利用郑氏集团内部的混乱，派遣军队占领了全岛。此时，那些明朝宗室必须做出选择。最终一部分宗室继续逃往，他们的目的地是吕宋岛等地。一些不愿意投降的藩王们选择自杀，当然投降者也大有人在。其实有那么一些幸存者在某些角落过着隐姓埋名的生活，康熙、雍正、乾隆三朝，不断发现"潜伏"的明朝宗室。
