如此巨大的数额，对于当时的清政府来说是一笔巨大的开销，于是清政府不得不将这笔款在统治的百姓身上剥夺出来。哪里有压迫哪里便有反抗，于是清王朝与过往的王朝一样，在签订了《辛丑条约》十年之后，消失在人民的浪潮之中。
民国承认继续赔款继续有效，诸多国家为了利益，退还部分赔款
清政府虽然已经灭亡，弱国无外交，新建立的民国在外交关系上，也不得不妥协。于是，他们继续承认条约有效，但事情也出现了转机，大约节省了4亿两白银。
在得知美国在这次赔款中索要的份额高于他们实际的损失之后，驻美公馆的梁诚便抓住了这个机会，引导当时的舆论，请求美国退还部分赔款。与此同时，在中国的沿海地区，也出现了大规模的抵质美货的行动。迫于压力，当时的美国想了一个婉转一些的办法。
经过三年多的谈判与交涉，美国政府决定分期返还赔款，从1904年一直返还到1940年，合计2972万美元。除此之外，美国还提出了一系列的附加条件，其中比较重要的一个条件那便是在国内挑选留学生赴美国留学，接受美国的教育。并且由清政府出钱，在清华园建立一所学校，也就是现在的清华大学。
