到了宋元时期，明教发展得更为昌盛，我们所熟知的《水浒传》中，方腊组织农民起义，建立政权，就是利用明教的教义和大家对普通百姓对明教的信仰聚拢大家形成有向心力的大规模集团组织。
元朝是蒙古人建立，对待宗教文化的态度，比前朝要开放很多，这时明教已经能够获得合法的地位，从事各类活动限制较少，也促使了明教的更大规模传播。明教得以和中国下层人民的本土文化更多的结合，和白莲教也融合到一起了。
但更大的影响力，也带来了负面效果。后期随着人们对朝廷统治的日益不满，明教被一些人利用，发展成为下层农民反抗斗争的工具，元末的农民起义，很多都是打着明教的旗号聚拢人心。刘福通也以此立韩山童的儿子为"小明王"，作为红巾军的精神领袖。
