据《明史·马后传》记载，沈万三帮朱元璋修筑南京城墙，然后又自己掏腰包犒劳军队，朱元璋对沈万三后一举动十分恼火，说："匹夫敢犒劳天子的军队，绝对的乱民，该杀。"马皇后宽厚仁慈，于是就劝说朱元璋："妾闻法者，诛不法场也，非以诛不祥。民富敌国，民自不祥。不祥之民，天将灾之，陛下何诛焉！"
马皇后的意思是：我听说法律是用来诛杀不法之徒的，但不是用来诛杀不祥之人。老百姓富可敌国，是老百姓自己不祥，不祥之民，苍天必然会降灾祸给他，陛下又何必再杀他。朱元璋还算能听进去马皇后的话，于是就绕沈万三不死，但下令将他发配到云南，沈万三这样一个曾经富甲天下之人，最终就这样默默地老死在了明朝西南边陲。
上面这种说法是流传最广，也是被记入正史的说法，但《明史》毕竟是清朝人修编的，而且修改了仅一百年才定稿，可信度有多大呢，接下来我们看看另一种关于沈万三的记载。
据《吴江县志》记载，沈万三在张士诚占据吴时就已经死了，他的两个儿子沈茂、沈旺继承了自己的家产和事业，《吴江县志》的记载来源于明朝莫旦撰写的《吴江志》，而莫家和沈家是亲家，自然对真实情况很了解，所以可信度更高，《吴江县志》编纂于清朝，当时《明史》已经就沈万三的死下了定论，所以《吴江县志》在说到沈万三时特地加上了一句注释的话：莫旦说张士诚占领吴会的时候沈万三早已经死了。
