在清代初期，民间流传出朱元璋的陵墓被盗了，当然这也只是民间的传说而已，并没有历史文献的记载。建国以后，盗墓贼也跑到紫金山来碰运气，在紫金山的四周挖了许多盗洞，最终结果也不得而知。由于当时对明孝陵的记录稀少，所以600年来，朱元璋的底下宫殿就成了历史上的一个迷。
1999年，考古队在明孝陵金水大桥东侧钻探时，发现了一口砖砌水井。在水井中发现大量古代建筑材料，通过与明孝陵地表上已经发现的砖块和石头的比较，研究人员已经确定这里与明孝陵是同时期建成。由于该遗址是当时在明孝陵附近发现的唯一建筑，文物工作者推测该建筑可能是明孝陵的看护人员当时的居住地。
既然看守人员居住的位置已经确定，那么主墓室也应该在附近。于是考古队立即召集地震工程研究所的工作人员，采用无损精密磁测技术，配合地面调查研究，终于揭开了一个隐藏了600多年的谜团--找到了明孝陵主墓室的位置，地下宫殿保存完好，排除了过去地下宫殿被盗传言。
