直到1998年，南京当地的文物保护专家们利用现代的科技手段，精密磁测仪器勘验明孝陵，用了整整六年时间，耗费了无数心血，才解决了困扰人们600年的谜团。朱洪武的地宫在独龙阜地下几十米的深处，而且保存完好，没有出现被盗挖盗掘的迹象。
朱洪武的陵墓保存完好，一是归功于当地独龙阜特殊的地质坏境。历史上很多帝王的地宫墓道大都修筑的非常笔直，而明孝陵的墓道在仪器探查中，呈现的是曲折的相像。
专家们认为明孝陵地下有两种不同的岩层，一种是非常坚硬的砾岩，另一种则是相对松软的石英岩。专家们推测，可能在施工时，发现地下存在砾岩岩层，难以开凿，便调整墓道的开凿方案，向便于开凿的石英岩二次开凿墓道。
