随着窦贤被处死大部分骁果军都有了兔死狗烹的凄凉心情，于是当时的虎贲郎将司马德戡就密谋发动兵谏（后来因为隋炀帝被杀而成了兵变），此举也得到了大部分属下及其他同僚的认可。大业14年即公元618年3月10日晚，司马德戡等人带领乱军上万人围攻隋炀帝行宫，隋炀帝被抓获后司马德戡等人向他表达了自己的意愿，隋炀帝被迫同意。
但宇文化及等人赶到后自然是不能接受这个结果，于是宇文化及命令属下独孤行达（yi）将隋炀帝杀死并让属下封德彝宣告隋炀帝的罪状。隋炀帝被杀后骁果军在群龙无首的情况只能被迫听从宇文化及的命令，于是乎隋炀帝身边的隋朝宗室全部被杀，仅留秦王杨浩一人，而支持隋炀帝的大臣们也都被杀（隋炀帝与年仅12岁的儿子杨杲被萧皇妃用床板做成的棺材临时放置在侧殿）。
