除了这些小规模的艺术品，他还参与了宫中三座宫殿的翻修工作。在修复工作中，朱由校包揽了设计、监工、施工三项重活，在他的努力下，之后几百年这三座宫殿基本都不用再维修。
皇帝在宫中忙着做木匠活，但是外面却打得热闹。努尔哈赤此时正率领他的部队进攻宁远城。此时的宁远，正由朱由校钦定的袁崇焕负责镇守。袁崇焕为了感谢皇帝给予的重托，誓死守城，凭借着城中的巨炮将清军击退。
努尔哈赤兵败撤退，半年后郁郁而终，然而清军的攻势却没有减弱。此时镇守边关的袁崇焕军饷告急，向朱由校求助。朱由校立刻命令所有的皇宫贵族捐款，筹得16万两白银送往边关。
但是这一些行为并没有掩饰他的昏庸。他在位期间重用阉党魏忠贤等人，制造了许多的冤家错狱。最终，朱由校不慎落水，染上重病。但是患病之后的朱由校没有好好医治，竟然吃一种叫"灵露饮"的"仙药"，导致了病越来越严重，最终懵逝，年仅23岁。
临终前，他将帝位传给了他的弟弟朱由检，也就是后来的崇祯皇帝。然而却给他留下了一个烂摊子，大明的江山在内外交困中岌岌可危。
