玄武门之变中，李世民顺利除掉了李建成和李元吉，又在后来逼李渊下台，然后登基为帝。成为皇帝李世民自然不会忘了论功行赏，其中，秦琼被封为正三品的左武卫大将军，食实封700户，考虑到他之前有个从一品的翼国公爵位，加之后来秦琼在凌烟阁二十四功臣中排名最末，很多人据此认为秦琼受到了李世民的薄待，而这种薄待是因为秦琼并没有参加玄武门之变。
先不说这个结论是从哪里得来的，至少两唐书中都有秦琼参与玄武门之变的明确记载，他作为秦王府的一员，作为李世民身边的得力干将，要说不支持李世民而忠于大唐，这显然是不可能的，秦琼固然忠于大唐，但在夺嫡这件事中，他不可能置身事外而拒不参加。
如果秦琼真的对李世民有异心，那根本不可能一直跟随在李世民身边建功立业，贞观年间也不可能成为正三品的左武卫大将军，死后也不可能得到"太宗特令所司就其茔内立石人马，以旌战阵之功焉。"的殊荣，更不可能被列入凌烟阁二十四功臣。这一切都说明李世民对秦琼是极为看重的。
而秦琼之所以在凌烟阁二十四功臣中排最末是有原因的，首先凌烟阁功臣所谓的排名其实更多的是根据官职大小来排的，而功臣名单则是考虑到了三个方面的建树：平定天下、玄武门之变和治理天下。由此选出了二十四个人，然后根据他们当时的官职（已经去世的则考虑死后追封的官职）来进行排名的。
