王安石争论的核心是：皇帝对法律有最终解释权，皇帝可以对法律进行修改和变更。简言之，皇帝敕令高于一切，也就是皇帝大于法。这才是王安石能够得到宋神宗支持的根本原因。
司马光等人的核心是：认为法律不能改，制度不能改，祖宗之法不可变。如果在阿云案中承认了宋神宗敕令的优先地位，就等于承认了王安石事事变更都要更改先朝制度的合理性。所以他们在论争中对宋神宗敕令不顾，坚持依律从事。
而这场争论也使得宋神宗充分认清了朝廷的形势，趁机将不支持变法的都排挤出了朝廷，进一步提高了敕令的地位，为大规模的变法活动提供了法律根据。
所以，阿云案最终的赢家其实是宋神宗他自己，皇权进一步得到了集中。这才是我们要看清的历史真相。
