1647年，清军进犯奉天府，守将刘承胤准备投降清廷，想抓了永历帝送给清廷邀功。王皇后从一位亲信那里得知了此消息，带着永历帝出逃。出逃路上，王皇后因为淋雨高烧不断，但是她一直指挥着队伍，直到抵达了广西安全地带。
次年，清军继续攻打桂林，王皇后亲自上前线，把钱粮衣物全部拿出来供大战使用。正是在王皇后的带领下，很多民众人慷慨解囊，拿出钱物用作军资，而南明也击退了一次又一次来犯的清兵。
然而四年后，永历帝被接到了贵重之后，当地军官孙可望见南明式微，就想要把这永历帝主动送去给清军。这倒霉催的明永历帝又一次面临着被送到清廷的危境当中，并且与他随行的一干朝中大臣都被孙可望杀了。孙可望甚至想杀掉王皇后，但是看到王皇后的气节，又想到李定国郑成功等人，最终还是没有动手，而是将他们软禁。
