当然，疑冢的只是民间的传说，正史上还没有记载有疑冢的说辞。根据记载，地宫在紫金山的一处叫独龙阜的圆形的山下。据考古专家介绍，明孝陵的规模如此宏大，被埋于独龙阜的地宫规模可想而知。
由于史书记载不全，所存在的工程资料也不足，民间也有朱元璋在南京朝天宫、北京万岁山下及下葬时13个城门出殡等历史记载和传说，几百年来了。明孝陵地下的玄宫成为人们心中的一个谜。
考古学家表示，根据科学技术的手段和法律的规定，无法发掘明孝陵。但是，这难不倒考古学家，他们还是找寻到新的方法，把明孝陵地宫的状况和结构探查清楚了。在明朝，皇帝死亡后的永眠的地叫陵宫，也称为神宫。根据明朝的葬礼制度，皇帝死后，陵墓中设置神宫监，管理皇帝的墓。通常，神宫监的位置在神宫旁边。因此，找到神宫监是关键。经过几年连续的勘测，终于让考古队发现了木浦发现了神宫监的踪迹。
1999年，考古工作者在明孝陵的金水桥东侧经过钻探，发现了一口水井，井周围发现了砖石结构遗址，通过与已经确定的孝陵其他地方的砖石对比进行比较，研究者认为这里的遗迹和孝陵属于同一时期的建筑物。所以文化遗产的相关人士推测，该建筑物可能是神宫监的存在。采用非破坏性精密磁性检测技术，协助地面调查研究，终于揭开了600多年前的谜团--确定了明孝陵地下玄宫的位置，朱元璋葬在独龙阜下几十米的位置，该地下宫殿是完好保存的。也没有被盗情况。
