经过这场较量，杨廷和开始运用手中权力在朝廷里搞小动作，不断排除异己架空嘉靖，嘉靖睁一只眼闭一只眼，只待一个好时机将这批不听话的老臣一网打尽。
三年后，嘉靖羽翼日渐坚实，在自己派系的权臣拥护下重新提案为自己父亲追加个名号。杨廷和自然与嘉靖针锋相对，甚至，不惜以辞职威胁嘉靖妥协，并且，朝中杨廷和一派纷纷表示与首辅大人共同进退。此时，的嘉靖早已不是那个毛头小子，以强硬态度贬斥杨廷和罢官成为草民。
扳倒杨廷和后，朝中老臣尚有不服嘉靖者，最终纷纷被嘉靖以强硬态度处理，百余大臣被锦衣卫逮捕下狱，其余八十余人听候发落。经嘉靖一系列铁腕处理后，朝中再没有反对声音，嘉靖的皇权逐渐稳固。这场由"礼仪"而掀起的纷争，其背后隐含的却不止礼仪这么简单，它意味着阁权与皇权之间的此消彼长。
嘉靖作为一个年轻的藩王，一步登天成为皇帝，最初的时候根本没有意识到"礼仪"背后牵涉的权力对抗。随着嘉靖逐渐成长，对于自身权力式微逐渐不满，所以，扫清朝中不和谐声音也成了必然趋势。随着其权利的集中，在其统治前期，出现"嘉靖中兴"的局面。他力革前朝时弊，励志效法太祖、成祖推行"新政"，大刀阔斧的推行了改革。
可以说，这场礼仪之争并没有赢家，嘉靖虽然以铁腕政策维护了自己的地位，但是，却使满朝官员无法心服口服，使皇帝与官员间的关系愈发僵化。最终，嘉靖躲在深宫中沉溺于丹道，朝廷被奸邪小人掌控，使明朝走向衰落。嘉靖二十一年更移居西苑一心修玄，日求长生，不问朝政，首辅严嵩专国20年，吞没军饷，吏治败坏，边事废弛，倭寇频繁侵扰东南沿海地区，造成极大破坏。
