后来经过蓝妮自己的打拼，以立法院院长孙科（孙中山长子）私人秘书的身份出现在南京。作为私人秘书，蓝妮将孙科的工作场所整理得井井有条，让孙科少了很多烦劳;她了解到孙科的一些生活习惯，将孙科的日常饮食生活都细心设计，让孙科感到家的温馨。
朝夕相处之下，感情不断升华，但是民国实行一夫一妻制，孙科作为男人仍然有所担当，顶住家人和社会的压力坚持娶了蓝妮。
婚后，孙科蓝妮出双入对，非常恩爱。为了表示自己对她的忠贞感情，他亲笔给蓝妮写了一张字据：我只有元配夫人陈氏与二夫人蓝氏二位太太，此外决无第三人，特此立证，交蓝巽宜二太太收执。
1938年，蓝妮在上海为孙科生下一个女儿，取名为孙惠芬。抗日战争爆发后，蓝妮告别尚未满周岁的女儿，与孙科一同前往重庆。在重庆期间，跟随孙科参与了很多社交活动，见到很多中共高层，与其中很多人关系都很好，私下里与邓颖超结为好朋友，她称邓颖超为"邓大姐"，邓对蓝妮十分尊重，称她为"孙太太"。这充分说明了他对蓝妮地位的认可。
