进入长安后，杜伏威加封太子太保兼行台尚书令，以示宠遇。李渊甚至直接放出话：只要我活着的一天，没人敢动你。
让杜伏威没想到的是，自己刚入朝不久，辅公祏就决定叛变。而且对外还打着杜伏威的招牌，说是奉他的密令起兵。
但是辅公祏哪是唐军的对手，最后兵败投降被杀。大概是不甘心一个人上路，辅公祏向唐军主帅李孝恭揭发杜伏威才是谋反主谋，有密令为证(就是假造的那个)，并把杜伏威的义子阚陵牵扯了进去。
杜伏威在辅公祏刚刚谋反的时候就突然暴毙，死因不明。我想大概率是被李渊杀害的，毕竟造反是株连九族的大罪。但是李渊曾答应保杜伏威不死，所以不能明着下手，只好暗地里动手，当然这只是笔者的猜测，真相至今无人得知。
