太平军是拜上帝教的洪秀全建立的，所以在太平军里面神权与政权形成了复杂的关系。在太平军中杨秀清与萧朝贵分别取得了代天父上帝与天兄耶稣传言的宗教特权，从此，太平天国包括君主洪秀全在内的全体君民须通过杨秀清和萧朝贵之口来聆听上帝和耶稣的指示。拜上帝教是极端排斥其他宗教的，所有参加太平军的人只能信上帝教。
另一方面， 《天朝田亩制度》是1853年太平军建都天京（南京）后颁布的纲领性文件。是洪秀全根据他自己写的《原道救世歌》、《原道醒世训》等著作中阐述的平等思想而提出来的。
它的主要内容是：一切土地和财富都属于皇上帝所有。确定"有田同耕，有饭同食，有衣同穿，有钱同使"，它把土地分为九等，好坏平均搭配，然后以户为单位，不分男女按人口平均分配；规定县以下行政制度，设立各级乡官，并规定乡官的保举，升贬、奖惩办法，设"两司马"负责管理生产、分配、教育、宗教、司法以及地方武装等工作；规定余粮、余钱缴"国库"的办法，每家农副业收获，扣除口粮外，其余送缴"国库"按制发给；废除封建买卖婚姻，太平天国在其占领区虽多次颁布，但未实施平分土地的规定。
从上面的内容我们可以看出太平军颁布的纲领中有进步的地方也有不合时宜的地方，但是总而言之，太平军是想建立汉族人统治的王朝，这就使得它对满族是决不姑息的，民族矛盾是是太平军处理清军俘虏重要考虑的一点。
