虽然朱允炆神似朱标，集诸多优点于一身，却远没有朱标的成熟和权威，更缺乏父辈们的实战经验和军事才能。
朱元璋明白，自己坐镇一天，便能给皇太孙一天的庇护。但是，一旦自己撒手人寰，皇太孙太过年轻，其能力可能并不足以迎击皇位之前的种种难题。因此，朱元璋不仅要扶皇太孙上马，还要再尽量地多送他一程。在有限的时间里，朱元璋要尽可能地为朱允炆创造一份"安定"。
从明初开始，朱元璋就定下藩王政策，让皇子们去镇守边疆，而这些藩王都是朱允炆的叔叔，从辈分和经验上都"碾压"朱允炆。为了树立皇太孙的权威，朱元璋在洪武二十九年(1396)，重定诸王朝见东宫的礼节制度，规定朝见后在内殿行家人礼，要求作为长辈的诸王都要严格执行。
朱元璋还放心不下那批久经沙场的开国元勋，以他们的老谋深算，若是有贰心，对孙子和皇位绝对会是巨大的威胁。洪武二十六年（1393），朱元璋借蓝玉案大开杀戒，一代名将蓝玉被杀，受牵连丧命的有15000人。之后，朱元璋又相继诛杀了傅友德、冯胜等开国功臣。
朱元璋一面为朱允炆清除朝堂中的"隐患"，另一面又为他精心挑选了一个辅佐团队，主要人物有齐泰、黄子澄、方孝孺等。这个团队中大部分都是文臣，看上去有些"偏科"，但却很对朱允炆"宽仁"的风格，这些人在后来组成了所谓的"秀才朝廷"，对朱允炆都忠心耿耿。
