莽军失去了核心领导，一下子变得军心大乱。昆阳城里的士兵一看敢死队胜利了，开城门呐喊着杀了出来，莽军40万人马转头就逃，莽军大乱，迅速土崩瓦解。
就在这节骨眼上，天空乌云密布，随即狂风大作，屋顶上瓦刮到半天空，片刻过后，大雨倾盆而下，暴涨的河水拦住了莽军士兵的退路。溃不成军的士兵踩死和淹死的足有万余人，剩下的踩着堵在河里的死尸才得以逃脱，逃出来的王邑一看，42万人马现在只剩下了不足一千人马。王邑拔剑自刎。
昆阳之战是历史上著名的以少胜多的战例，绿林军和莽军人马比例为1:40，换言之，刘秀的1个士兵要干掉40个王莽士兵才能打个平手。
历史上以上胜多的官渡之战，曹操和袁绍的兵力是1:3.2 （曹操3.3万，袁绍10.5万），赤壁之战曹操和孙刘联军的兵力是6:1（曹操30万，孙刘5万）
