两次大捷使清廷朝野震动，一时间提到李定国的名字就吓的发抖，甚至打算放弃西南各省与李定国平分天下，当时抗清形势达到了一个空前的大好形势，很多之前投靠满清的明军将领也在观望，准备投回明朝，但是这时候南明内部又出现内讧，孙可望忌妒李定国立下赫赫战功，甚至还想诱杀李定国，被人提前通知，李定国知道消息后还写信希望孙可望以大局为重，珍惜眼前大好的形势，继续同心协力抗清，谁知孙可望看信后大怒，率军来攻打李定国，李定国不忍见抗清势力互相残杀，迫不得已离开湖南回到广西，但是孙可望还是一路追杀，最后两军交战，孙可望不敌李定国，带着几十个人投靠清朝了，他虽然只带着几十个人投降了，但是他带了西南的各地军事布署图，以及李定国的弱点，还鼓动清朝攻打云南。
清廷派吴三桂率大军去云南攻打李定国，李定国同样是准备设伏，但是由于叛徒出卖，致使吴三桂抢占先机，但是磨盘山一战还是让清军死伤大半，而大西军这边占是六千精锐损失三分之二，也失去了最后的抗清力量了。之后永历帝逃到缅甸与李定国失去联系，吴三桂率大军到缅甸要人，缅甸国王赶紧交出永历帝，永历帝被吴三桂用弓弦勒死，至此南明最后的政权灭亡，李定国得到永历帝死的消息大哭道"我对不起大明，也对不起皇帝，我该怎么面对天下。"，不久就病死了，临终前嘱咐儿子及部下："宁可死到荒郊野外，也不可投降。"
