也因为他在商业上的巨大成就，后来还被朝廷重用委任泉州舶司提举一职。不过蒲寿庚虽然当着官，拿着朝廷的俸禄，却一点也没有心系国家，忠心耿耿的精神品质。到了南宋末年，国家战乱之际，作为有名的官商，蒲寿庚非但没有帮国家一把，还倒打一耙。
公元1276年，在蒙古国南下占领了临安城后，俘获了年仅5岁的恭宗。皇族一脉为了求生逃往泉州，蒲寿庚却闭门不见，最后因孤臣张世杰等人"掠蒲氏海船二千艘，没其货物"，蒲寿庚残害了南宋皇室3000人。
后来元军抵达泉州时，他主动受降，因此在元朝统一后得到元世祖的器重。因为他叛国投元的举动，蒲家子孙当时在元朝也都风风光光。可惜数十年后，因为与元廷争利蒲家人惨遭灭门四处逃散。
